Стелиос Малезас пришел в ПАОК из «Понтии» Катерини в 2003 как подающий надежды футболист и дошел до финальной стадии Евро и Чемпионата мира. Между этим был один сезон в команде низшей лиги «Иродотос», где защитник получил игровое время. В января 2006 он вернулся и дебютировал в матче против «Ксанти».

Благодаря своей трудоспособности он постепенно закрепился в основе и стал получать приглашения в национальную сборную. Летом 2012 после насыщенного и своего наилучшего на тот момент сезона футболист решил попробовать что-то другое.

Его ждали Бундеслига и «Фортуна» Дюссельдорф. Стелиос пробыл в новом клубе два сезона, пережил вылет во второй дивизион, но приобрел игровой опыт. Летом 2014 он вернулся в Грецию и стал выступать за «Панетоликос». Но три года, проведенные вдали от «Тумбы» стали слишком большим сроком и в 2015 он снова оказался дома.

Всего Малезас провел 207 матчей в футболке «Двуглавого», насчитывая 4 гола. За всю профессиональную карьеру защитник сыграл 307 официальных поединков и 6 раз поразил ворота соперника.