Малезас дебютировал в футболке ΠΑΟΚ 27.10.2005 в гостевом противостоянии Кубка Греции с «Агротикос Астерас». Перед этим он провел один сезон в аренде в «Иродотос».

В последующие годы он постепенно закрепляется в стартовом составе «Двуглавого», получает вызовы в национальную сборную и входит в заявку на Чемпионат мира 2010 и Евро 2012.

Тем летом Малезас переходит в немецкую «Фортуну» Дюссельдорф, за которую выступал два года. Летом 2014 греческий футболист вернулся в Суперлигу и «Панетоликос», где пробыл два года. Затем вернулся в ΠΑΟΚ, подтвердив, что является надежным и стабильным выбором в линии обороны. В сезоне 2017-18 он был одним из трёх капитанов ΠΑΟΚ, кто поднял в небо второй подряд Кубок Греции. В следующем сезоне он стал непобедимым чемпионом страны и обладателем Кубка в составе ΠΑΟΚ. Тем же летом он перешёл в «Ксанти».

Отыграл за акритскую команду один сезон и завершил футбольную карьеру. После этого получил тренерскую лицензию УЕФА и сразу принял предложение «Двуглавого» сменить Пабло Гарсию на тренерском мостике U-19.

Стелиос снова находится у себя дома…