Джонатан Гомес родился 1 сентября 2003 в Далласе, Техас. Имеет мексиканские корни. Начал карьеру в возрасте 12 лет в академии «Далласа», прежде чем перебраться в  академию «Луисвилл Сити». Совершил профессиональный дебют в составе  «Луисвилл Сити» в 2020. За два сезона провел 39 матчей, забил 2 гола и отдал 10 результативных передач.

В январе 2022 Гомес переехал в Испанию, чтобы выступать за «Реал Сосьедад». Молодой левый защитник продолжил впечатлять своей игрой в Сегунде, где в составе второй команды «Реал Сосьедад» насчитал 43 поединка, один гол и один голевой пас.

На международном уровне Джонатан Гомес представлял как молодежные сборные США, так и Мексики. Он также принял участие в матче взрослой команды Мексики против Гватемалы, а недавно сыграл за национальную сборную США в товарищеских встречах с Боснией и Сербией.

Молодой левый защитник готов открыть в Салониках новую главу в своей карьере и надеть черно-белую футболку.