Молодой полузащитник делал свои первые шаги в футболе в академии ПАОК, прежде чем перейти в академию «Арсенала» в Греции, а затем «Зволле» в Голландии.

В прошлом сезоне Балояннис вернулся в «Двуглавый», стал играть за U-20 и почти сразу же получил повышение в первую команду. В составе молодежки он стал одним из самых ценных игроков на пути к завоеванию чемпионата Суперлиги, записав себе в актив 26 матчей, 6 голов и 8 результативных передач.