Мигель Витор родился 30 июня 1989 в Торрес Ведрас и начал свою карьеру в академии «Бенфики». В 2007, в возрасте 18 лет он дебютировал в первой команде «Орлов» из Лиссабона в матче с «Гимараеш», а затем сыграл в третьем отборочном раунде Лиги чемпионов против «Копенгагена», получив этот шанс в отсутствие основных Луизао и Давида Луиза.

Однако остаток сезона 2007-08 защитник провел в аренде в «Депортиво» Авеш, чтобы не терять игровой практики. Этот шаг позволил ему набрать хорошую форму и после своего возвращения на «Да Луж» Витор получил место в основе, проведя 16 матчей, в 15 из которых он выходил в стартовом составе. Но продолжение получилось иным. Жорже Жезус, сменивший на тренерском мостике Кике Санчеса Флореса, не проявил доверия к футболисту и его игровое время заметно сократилось.

Так, в 2010 Мигель Витор был отдан в аренду в английский «Лестер» Паулу Соузы. В Англии он не сразу приспособился к иному стилю футбола, но как только Мигель нашел свой игровой ритм, то сразу закрепился в стартовом составе команды и даже забил три гола в Чемпионшип.

Его выступления не изменили мнения Жезуса, который снова посадил на скамейку запасных защитника национальной молодежной сборной Португалии. Сезон 2011-12 Витор провел между скамейкой и трибуной, а в следующем году играл за вторую команду «Бенфики». Летом 2013, когда истек его контракт с лиссабонским клубом, 24-летний футболист согласился продолжить свою карьеру в ПАОК.