Малезас дебютировал в футболке ΠΑΟΚ 27.10.2005 в домашнем матче Кубка Греции с «Агротикос Астерас», а перед этим выступал на правах аренды в «Иродотос».

С годами он закрепился в основе «Двуглавого», стал получать приглашения в национальную сборную и был включен в ее состав на Чемпионат мира 2010 и Чемпионат Европы 2012. Летом 2012 после насыщенного и своего лучшего на тот момент сезона футболист решил попробовать что-то другое.

Его ждали Бундеслига и «Фортуна» Дюссельдорф. Стелиос пробыл в новом клубе два сезона, пережил вылет во второй дивизион, но приобрел здоровый игровой опыт. Летом 2014 он вернулся в Грецию и стал выступать за «Панетоликос». Но три года, проведенные вдали от «Тумбы», стали слишком большим сроком и в 2015 он снова оказался дома.

Всего защитник провел 234 матча в футболке «Двуглавого» и насчитывает 5 голов. За всю профессиональную карьеру футболист сыграл 329 официальных поединков и 7 раз поразил ворота соперника.

В прошлом году он завоевал с «Двуглавым» Кубок Греции, свой первый титул в профессиональной карьере, а в нынешнем сезоне во второй раз подряд поднял трофей вместе с Аделино Вийериньей после финала с АЕК на ОАКА. Капитан провел 16 поединков и забил «Платаниасу».