Марко Михойевич родился 21 апреля 1996 в Требнье, Босния и Герцеговина. Футбольную карьеру начал в академии «Леонтар». В 2012, в возрасте всего 16 лет он получил повышение в первую команду и дебютировал 6 октября, выйдя на замену в матче против «Габела».

В своем первом сезоне он провел 10 поединков, а в следующем году, не достигнув совершеннолетия, стал играть еще более ключевую роль и привлек интерес «Сараево», которое объявило о его приобретении летом 2014.

Там он встретился с Гойко Цимиротом, с которым они имели похожий путь профессионального роста. В «Сараево» Михойевич, несмотря на свой молодой возраст, закрепился в стартовом составе и в сезоне 2016-17 достиг отметки в 30 матчей, надев также и капитанскую повязку.

Его способность действовать как на позиции стоппера, так и опорного полузащитника сделала футболиста важным звеном в юношеской и молодежной сборной Боснии с 2013 года. Михойевич считается одним из самых талантливых игроков своей страны и теперь получает вызов в национальную сборную. Его дебют состоялся всего 2 дня назад, 29 января в товарищеской встрече с США.

В нынешнем сезоне он сыграл 14 матчей за «Сараево» и забил 3 гола. Кроме того, защитник дебютировал и в еврокубках, сыграв в основе в противостояниях с «Зарей» Балти в первом отборочном раунде Лиги Европы, отличившись в гостевом поражении 2-1.

Зрелый для своего возраста, обладающий страстью, агрессивностью в игре и хорошо действующий в воздушных единоборствах, Михойевич принял вызов ΠΑΟΚ и прибывает в Салоники с целью сделать следующий шаг в своей карьере.